La question de la « bonne » définition de l’espèce, qui unit les biologistes, les naturalistes et les personnes impliquées dans l’usage ou la conservation de la biodiversité, est constamment réactualisée par les progrès des connaissances sur l’évolution et la spéciation. Cette question est loin d’être résolue parce que la spéciation est à l’œuvre dans la biodiversité actuelle et que les taxons de rang spécifique ne sont donc pas des espèces certaines mais plutôt des hypothèses d’espèces qui restent souvent à tester. Darwin soulignait l’importance des « espèces douteuses » pour son argumentation sur la variation. Nous illustrons cette propriété du vivant à résister à la classification par l’exemple des taxons flous qui peuvent être résumés en deux grands types, le syngaméon et les espèces naissantes. La variété des cas d’études rapportant des flux de gènes entre espèces, parfois entre genres, le rôle écologique de ceux-ci, soulignent que l’espèce incertaine constitue un aspect majeur des problématiques de la biodiversité.