Ces dernières années, l’utilisation des algues brunes (Phaeophyceae) et spécifiquement les Fucaceae, a augmenté dans plusieurs domaines d’applications, incluant les additifs alimentaires, les nutraceutiques, les cosmétiques et l’agriculture, principalement parce que la plupart des algues brunes comestibles contiennent des composés bioactifs précieux. Toutefois, la demande croissante pour certaines espèces, comme Ascophyllum nodosum, est devenue une préoccupation majeure en raison du risque de surexploitation. D’autre part, les interactions complexes entre les algues hôtes et leurs microbiotes sont de plus en plus connues. Les Fucaceae sont particulièrement intéressantes à cet égard, car plusieurs espèces de cette famille sont associées de manière stable à des champignons intracellulaires. Nombre de ces microbes associés produisent eux-mêmes une large gamme de composés bioactifs et peuvent contribuer aux propriétés précédemment attribuées à l’hôte. Pour certains composés, une alternative à la récolte sauvage pourrait être la production de molécules d’intérêt par chimie de synthèse ou par production biotechnologique, par exemple en utilisant certains microbes sélectionnés du microbiote algal comme des usines cellulaires microbiennes. Cela nécessite une connaissance approfondie de l’algue et de son microbiote afin de reconnaître l’origine et les voies de synthèse de ces composés bioactifs. Cette revue présente les connaissances actuelles sur les Fucaceae et leur microbiote associé en tant que sources de composés chimiques destinés à diverses applications.